La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna făcea parte din plasa Fundurile a județului Vaslui și era formată din satele Scheia-Căpotești, Scheia-Pojorăști, Căuești și Găunoasa, având în total 1418 locuitori. În comună existau două biserici, o școală și numeroase cariere de piatră. Anuarul Socec din 1925 o consemnează în plasa Negrești a aceluiași județ, având în compunere satele Căuești, Găunoasa, Satu Nou și Șcheia plus cătunul Ciuroaia, populația fiind de 1900 de locuitori. În 1931, comuna era alcătuită din satele Căuești, Găunoasa, Șcheia și Ciuroaia.

În 1950, comuna a fost transferată la raionul Negrești din regiunea Iași. Satul Găunoasa a primit în 1964 denumirea de Poiana Șcheii. În 1968, ea a trecut la județul Iași, primind și satele Cioca-Boca (de la comuna Ipatele), Drăgușeni și Frenciugi (de la comuna Drăgușeni, desființată). Satele Drăgușeni și Frenciugi s-au separat din nou în 2004, de atunci comuna Șcheia având alcătuirea actuală.